洁净手术室的原理和普通洁净室大致相同，可以参考普通洁净室的概念，但普通洁净室主要以颗粒为主而洁净手术室主要以细菌和病毒为主。

　　国际标准化组织(IS0)标准14644-1对洁净室的描述是:洁净室中悬浮粒子的浓度受到控制，其建造和使用方式使进入、产生和停留在室内的粒子达到很小;其他室内参数，如温度、湿度、气压，根据需要进行控制。定义的前半部分基本解释了什么是洁净度，洁净度是一个小化颗粒进入、产生和滞留的房间。要做到这一点，首先要用高效过滤器过滤掉大量的送风。这种送风的目的是:(1)稀释和去除室内人员和设备散发的颗粒物和细菌;(2)给房间加压，保证脏空气不会流入洁净室。其次，洁净室的建筑材料不产生颗粒，易于清洁。然后，洁净室人员用衣服遮盖身体，使其散发的颗粒物和微生物少。这些措施和其他类似的措施可以大限度地减少洁净室引入、产生和保留的污染。洁净室还可以控制温度、湿度、声音、照明和振动。

　　洁净手术室空气处理:室外新风经过初效段和混合室回风，再经过中效段和高效段过滤后送入洁净室，达到在一定换气次数下控制空气中颗粒物数量的目的。空气也可以被加热、冷却、加湿、除湿、杀菌等，从而获得恒温、恒湿、无菌的状态。根据洁净度的高低，室内气流可分为层流、混流和湍流。

　　层流洁净手术室是采用空气净化技术，对微生物污染进行不同程度的控制，以满足空间环境中控制空气洁净度和适用于各种作业的要求。并提供合适的温度和湿度，以创造一个干净舒适的操作空间环境。洁净手术室术后感染率比一般手术室可降低10倍以上，从而减少抗生素的使用。